Após Giratina ser banida do trio dos pokémon controladores do tempo e espaço para o mundo inferior. Giratina se revoltou e usou os humanos como o ódio e a raiva que podiam servir como uma arma contra Arceus, então nasceu Cresselia, encarregada de controlar as esperanças e sonhos, levando às pessoas sentimentos bons e ao criar seu irmão, Giratina interferiu e criou Darkrai, que trazia pesadelos aos humanos. O universo continua sem controle, então Arceus cria as duas aves irmãs Latios e Latias capazes de viajarem pelas dimensões e serem os guardiões do infinito, nasceu também Celebi e Shaymin, para juntos cuidarem da natureza. Aqueles responsáveis poer cuidar da Terra não conseguiram cuidar de todas as regiões criadas pela luta entre Groundon e Kyogre. Portanto, Arceus cria mais duas aves irmãs, Lugia e Ho-oh, as duas aves tinham torres onde ficavam observando tudo aquilo que foi lhe ordenado a proteger, mas Ho-oh com inveja do território maior de sua irmã e começa uma batalha, no meio da batalha cai um raio na torre de Lugia que formou fogo e fez com que Lugia caísse e cedesse seu território à Ho-oh. O território de Lugia que foi dominado, foi graças à formação dos cães lendários. O raio que caiu na torre formou Raikou, o fogo feito pelo raio virou Entei e a que apagou o fogo formou Suicune. Expulso por Ho-oh, Lugia começa a morar nos oceanos perto de três ilhas e Ho-oh para provar sua superoridade criou mais três outras aves: Zapdos, Moltres e Articuno sendo distríbuidas nas três ilhas para ter seus olhos em cima de Lugia para que não contra-atacasse.
Jirachi e Manaphy foram criados para ajudar Azelf e Kyogre como Mew auxilia Arceus. Junto com Latias e Latios, Arceus criou um pokémon achado em outra dimensão que ficou chamado de Deoxys que ajuda Latios e Latias na controlação do universo e é classificado com extraterrestre. Ao descobrirem a existência de Mew, os humanos usaram seu DNA para criar Mewtwo que destruiu seus criadores dizendo a frase: "Aqueles que me criaram nunca me pergutaram se eu queria existir, por isso não posso perdoá-los". Descobrindo que Arceus criou o universo, quis desafiá-lo "inaugurando" uma gigantesca batalha que abala o universo. Em meio a luta, Mew aparece quando Mewtwo e Arceus não consseguem nem mais ficar em pé e foi declarado o empate e ambos ficam no poder do poderoso universo. Arceus como o grande criador e Mewtwo como o que governa.
Essa foi uma teoria de como o universo pokémon foi criado, mas existem outros fatores que podem mudar toda a história do universo misterioso dos pokémon
